In der am 12.März 1365 von Herzog Rudolf IV. gegründeten Universität Wien war die medizinische Fakultät die zahlenmäßig kleinste unter den vier  (Theologie, Jurisprudenz, Medizin und Artes=philosophische Fakultät). Dies hängt einerseits mit den vergleisweise sehr hohen Studiengebühren, aber auch mit dem im 14. Jahrhundert qualitativ nicht sehr hochstehenden Lehrpersonal zusammen. Erst im 15.Jahrhundert besserte sich diesbezüglich das Niveau deutlich. Die unter der Leitung eines semesterweise gewählten Dekans stehende Fakultät war keine Forschungsfakultät im heutigen Sinn, sondern man orientierte sich an alten Autoritäten (auctoritates) aus der griechisch-antiken Medizin. Gelehrt wurden daher die Aphorismen des Hippokrates (um 460 v.Chr. - 370 v. Chr.), in denen denen dieser seine Viersäftelehre (Blut, gelbe Galle, schwarze Galle, Schleim) darstellt und vor allem die Ars medica (Technè iatrikè) des Galen von Pergamon (um 130 n.Chr. - 216 n. Chr.)

    Mit dieser Viersäftelehre (Humoralpathologie) versuchte man auch, den Krankheiten der Zeit Herr zu werden. So finden sich medizinische Abhandlungen vor allen über die Behandlung von Pest (Pesttraktate), Lepra und Syphilis. Die Lehre war theoretisch ausgerichtet. Nur einige wenige Anatomien, die an hingerichteten Verbrechern durchgeführt werden durften, gaben den Studenten praktische Einblicke in den menschlichen Organismus.

       Die Universität Wien brachte während des Mittelalters nur wenige Mediziner von Rang hervor. Genannt sei Michael Puff aus Schrick im Bezirk Mistelbach, der ein breit gefächertes medizinisches CEuvte hinterlassen hat, sowie Bartholomäus Steber, der einer der ersten Ärzte war, der sich mit der Bekämphung der Syphilis befasst hat.